Borgman - termine che indica gli umani modificati per resistere nello spazio - si svolge nel 2030 quando la Terra e in particolare Tokio vengono assaliti dagli Yoma, esseri extradimensionali decisi a conquistare il nostro pianeta. Come portale di accesso questi alieni usano quattro meteoriti che alla fine del Ventesimo secolo hanno colpito e praticamente distrutto la capitale del Giappone. Sulle ceneri della città è sorta Megalocity che ora è il teatro delle battaglie tra questi esseri e tre Borgamn.