Sono passati ormai 15 anni dalla violenta catastrofe nota come "Second Impact" che provocò la morte di oltre 3 miliardi di persone. Questo incidente dalle cause non del tutto note portò le persone a rifugiarsi in alcune città tecnologicamente avanzate, tra cui Neo Tokyo-3. Proprio in questa città hanno inizio le vicende di uno studente molto introverso di nome Shinji Ikari, che verrà reclutato come pilota dell'Eva-01, un enorme robot costruito appositamente per combattere delle strane creature soprannominate "Angeli" che attaccano continuamente le città minacciando di provocare una terza catastrofe.
