Nightflyers segue la missione spaziale di nove scienziati in cerca di forme di vita aliene che possano salvare il genere umano dall'estinzione. L'astronave che li ospita, la Nightflyer appunto, è una meraviglia della tecnologia, guidata da un capitano misterioso che comunica con gli altri passeggeri solo attraverso la voce o usando un ologramma. Ma la sua non è l'unica presenza oscura a bordo: ben presto i protagonisti dovranno fronteggiare una serie di eventi inspiegabili e devastanti, che minaccerà l'intera missione e la loro stessa vita.