Nagisa Misumi e Honoka Yukishiro frequentano la Verone Academy e sono molto diverse: la prima è una sportiva, la seconda un'appassionata di scienza. Un giorno, le due quattordicenni incontrano Mipple e Mepple, i quali raccontano loro di provenire da una dimensione chiamata il Giardino della Luce e che, poiché questa è stata attaccata dall'oscuro regno di Dotsuku, hanno bisogno del loro aiuto per raccogliere le sette Pietre Prismatiche, che racchiudono la forza della vita e della creazione, senza le quali sia il Giardino della Luce sia la Terra, detta Giardino dell'Arcobaleno, saranno distrutti. Nagisa e Honoka diventano così le Pretty Cure, ritrovandosi a combattere per evitare che il malvagio Re Jaaku venga liberato tramite le Pietre Prismatiche.
